Ülkemizin su ve toprak kaynaklarını geliştirmekle yükümlü bulunan Genel Müdürlüğümüzün 26   bölgesinden birini teşkil eden bölgemiz 1951 yılında Bayındırlık Bakanlığına bağlı Su İşleri Reisliği'nin   32. Şube Müdürlüğü olarak kurulmuştur. 1  Mart 1954  tarihinde DSİ  Genel Müdürlüğünün  kurulması ile DSİ Ankara V. Bölge Müdürlüğüne bağlı 53. Şube Başmühendisliği unvanı ile görevini  sürdürmüştür.

          DSİ 12.Bölge Müdürlüğü 1 Haziran 1960 tarihinde kurulmuştur. Bölge sınırları KAYSERİ merkez olmak üzere Kırşehir, Nevşehir, Sivas, Yozgat illeri olarak belirlenmiştir. Sivas 1967 yılında V.Bölge Müdürlüğüne bağlanmıştır. Bundan sonra Bölge Müdürlüğümüz geriye kalan 4 ilimizin 43 077 km²'lik sahası içinde 6200 Sayılı Devlet Su İşleri Kuruluş Yasası, 1053 ve  167 sayılı yasalar gereğince su ve toprak kaynaklarını geliştirmek amacıyla her aşamadaki çalışmaları yürütmektedir.

DSİ XII. Bölge Müdürlüğümüzün çalışma alanı, İç Anadolu Bölgesinde yer almakta  Kayseri, Kırşehir, Nevşehir, Yozgat illerinin toplam  43 077 km²' lik alanını kapsamaktadır. Bölge  hizmet alanında bulunan 4 ile bağlı 42 ilçede 2000 yılı nüfus sayımı sonuçlarına göre toplam 2 306 504  kişi yaşamaktadır.